Bunt miast pruskich
W roku 1454 rozpoczęła się najdłuższa wojna za panowania Kazimierza Jagiellończyka. Przez kilkanaście lat król zmagał się z Zakonem Krzyżackim, który ostatecznie pokonał. Zarzewiem konflikt był bunt Związku Pruskiego (Pruessischer Bund) przeciwko krzyżackiemu uciskowi podatkowemu. Do związku, czyli konfederacji miast i rycerstwa, przystąpiło łącznie 19 miast i ponad pięćdziesięciu przedstawicieli stanu rycerskiego. Kluczową rolę odgrywało Stare Miasto Toruń.
Mieszczaństwo bogatych miast pruskich: Torunia, Gdańska i Elbląga coraz częściej domagało się możliwości współdecydowania o losach państwa. Występowało z prośbą o przyznanie mu przez zakonników stosownych przywilejów politycznych i ekonomicznych. Dążyło także do zawarcia trwałego pokoju z Polską, albowiem czas konfliktów i niepewności źle wpływał na interesy.
Krzyżacy nie zamierzali jednak ustępować i oddawać władzy. Gdy doprowadzili do potępienia konfederacji miasta pruskie aktem z 4 lutego 1454 r. wypowiedziały posłuszeństwo państwu zakonnemu. Jednocześnie wysłały poselstwo do Kazimierza Jagiellończyka oddając się w opiekę polskiemu monarsze i prosząc o przyłączenie ziem pruskich do Korony. Król 6 marca 1454 r. wydał oficjalny akt inkorporacji Prus do Polski. To wydarzenie rozpoczęło wojnę trzynastoletnią.
Złoto otwiera zamkowe bramy
Wojna toczyła się ze zmiennym szczęściem. W 1454 r., jeszcze przed wypowiedzeniem wojny, wybuchło w Prusach powstanie przeciwko zakonowi. Przykład sprawnego działania dał Toruń. W ciągu kilku dni załoga krzyżackiego zamku skapitulowała. W ręce zbuntowanych stanów przeszły kolejno twierdze w Gdańsku, Elblągu, Grudziądzu, Gniewie, Radzyniu, Świeciu, Golubiu i innych miejscowościach.
Krzyżacy dla ratowania sytuacji wezwali wojska najemne. Do konfrontacji z armią polską doszło w bitwie pod Chojnicami zakończonej przegraną wojsk koronnych. Była to nie tylko klęska militarna, ale i wizerunkowa porażka nowej władzy, której poddali się pruscy mieszczanie.
W ciągu przedłużającego się konfliktu rosło zadłużenie państwa krzyżackiego. Zakonnicy nie byli już w stanie płacić najemnikom za obronę twierdz, które posiadali lub odbili z rąk powstańców. Wykorzystał to Kazimierz Jagiellończyk i wspierany finansowo przez pruski patrycjat obiecał zapłacić zaległy żołd w zamian za wydanie twierdz. W ten sposób przeszedł we władanie królewskie m.in. Malbork, do którego Kazimierz Jagiellończyk wjechał uroczyście w czerwcu 1457 r., choć miasto i twierdza przechodziły jeszcze z rąk do rąk, by ostatecznie znaleźć się w polskim władaniu w 1460 r.
Przełomowa dla przebiegu wojny okazała się kampania wojsk polskich w 1462 r. dowodzona przez utalentowanego dowódcę Piotra Dunina. Dzięki niemu wojska koronne odniosły zwycięstwo w bitwie pod Świeciem, a dodatkowo zdobyły Gniew i Chojnice. Rok później połączona flota gdańsko-elbląska pokonała flotę krzyżacką w bitwie na Zalewie Wiślanym. Wobec polskich zwycięstw i antykrzyżackiego nastawienia ludności wielki mistrz został zmuszony do kapitulacji.
Pomorze znów polskie
Na mocy zawartego w Toruniu w 1466 r. pokoju do Korony przyłączono tzw. Prusy Królewskie, czyli zachodnią część państwa zakonnego. W polskim posiadaniu znalazły się Pomorze Gdańskie, Ziemia Chełmińska, okolice Malborka, Elbląga i Warmia. Wschodnia część państwa zakonnego (Prusy Książęce) miała być odtąd lennem Polski. Każdy wielki mistrz musiał składać hołd lenny polskiemu królowi. Ponadto miał obowiązek udzielania Polsce pomocy zbrojnej. Dodatkowo obowiązywały go ograniczenia w sferze polityki zagranicznej.
Pokój toruński miał ogromne znaczenie dla Korony tak prestiżowe jak i ekonomiczne. Polska nie tylko znacznie powiększyła swój obszar, ale co ważniejsze zyskała dostęp do Bałtyku wraz z bogatymi miastami portowymi Gdańskiem i Elblągiem. Od tamtego momentu Wisła, najważniejsza wodna arteria handlowa, na całej swej długości znajdowała się na ziemiach polskich a to znacząco przekładało się na wpływy do skarbca koronnego.
Przywileje mennicze dla Gdańska, Torunia i Elbląga
W czasie toczącej się wojny stany pruskie poprosiły Kazimierza Jagiellończyka o nadanie przywileju menniczego. W 1457 r. trzy miasta Gdańsk,Toruń i Elbląg otrzymały prawo bicia monety. W tamtejszych mennicach rozpoczęto produkcję szelągów, które docelowo miały zastąpić monetę krzyżacką.
Na ich awersach pojawiał się podwójny krzyż jagielloński z napisem KASIMIR D.G.R POLON (Kazimierz z Bożej łaski król polski). Rewers zdobiła tarcza z herbem Prus Królewskich oraz informacja o miejscu wybicia, np. MONETA THORVNESI (Moneta Torunia) gdy numizmat został tam wyemitowany.
Herb ustanowiony dla Prus Królewskich składał się w części z godła zakonnego. Czarny orzeł krzyżacki został udostojniony przez dodanie korony królewskiej na szyi oraz zbrojnego ramienia z mieczem. Korona symbolizowała władzę polskiego monarchy zaś ramię zaczerpnięte z litewskiej Pogoni wskazywało na opiekę Jagiellonów nad pruskimi ziemiami.