Początek rządów nowego króla nie był łatwy. Jak się okazało nie wszyscy akceptowali wybór Batorego. Opór stawił m.in. bogaty i dumny Gdańsk, który opowiadał się za elekcją Maksymiliana Habsburga. Ponadto kością niezgody między monarchą a miastem były tzw. Statuty Karnkowskiego, które miały określać stopień zwierzchnictwa królewskiego nad Gdańskiem i tamtejszą żeglugą. Konflikt interesów zakończył się oblężeniem portu przez wojska królewskie. Miasto potrzebowało pieniędzy na opłacenie najemników. Gdańszczanie zgromadzili ponad pięćset kilogramów srebra z kościołów, kasy miejskiej, cechów i w 1577 r. rozpoczęli bicie monet „oblężniczych”. Emitowano dukaty, talary, półtalary, grosze i szelągi. Co ciekawe na awersie, zamiast tradycyjnej podobizny królewskiej, pojawił się wizerunek Chrystusa trzymającego kulę ziemską zwieńczoną krzyżem. W napisie otokowym umieszczono słowa: DEFENDE NOS CHRISTE SALVATOR („Broń nas Chryste zbawicielu”), czasem skracane do: DEFENDE NOS CHRISTE. Gdy spór króla z miastem zakończył się hołdem Gdańszczan dla monarchy monety „oblężnicze” wycofano z obiegu. Powodem była ich stopa mennicza niższa od wartości nominalnej.
Po zakończeniu rozprawy z Gdańskiem Stefan Batory przystąpił do porządkowania spraw finansowych. W dziedzinie tej panował znaczny chaos, który pogłębiły dodatkowo dwa długie bezkrólewia. W obiegu były rozmaite monety, zarówno z czasów zygmuntowskich jak i waluty obce. To zamieszanie wykorzystywali spekulanci, którzy wywozili z Polski dobre monety bite w Wilnie i Gdańsku a przywozili słabsze, zagraniczne.
Przede wszystkim należało ożywić produkcję menniczą. Wileńska mennica, od 1548 r. główna mennica Rzeczypospolitej pozostawała w zaniedbaniu od śmierci Zygmunta Augusta. Batory otworzył w 1578 r. mennicę koronną w Olkuszu. W 1584 r. uruchomiono mennicę w Poznaniu. Przywilej bicia własnej monety posiadały: Gdańsk, Toruń, Elbląg oraz Ryga, która znalazła się pod panowaniem polskim-litewskim w 1581 r. Ponadto polskie monety produkowano także w książęcej mennicy w Nagy Banya na terenie Siedmiogrodu. Batory polecił bić tam dukaty i talary, prawdopodobnie na własny rachunek. Wyemitowane w niewielkich ilościach posiadają wysoką wartość numizmatyczną.
Ordynacja mennicza z 1580 r. ustalała stopy mennicze i precyzowała sposób zarządzania mennicami. Oprócz złotych dukatów bito srebrne: talary, półtalary, szóstaki, trojaki, grosze, półgrosze, szelągi i denary. Normy mennicze monet srebrnych precyzyjnie określono, zaś w przypadku dukatów pozostały ustalenia z czasów Zygmunta Starego. Za panowania Stefana Batorego w szerokim obiegu zaczął funkcjonować talar (którego szczytowa emisja przypada na rządy Zygmunta III Wazy). Jego waga wynosiła 28,23 g srebra próby 884. Złoty „polski” nadal pozostawał tylko jednostką obrachunkową równą trzydziestu groszom.
Organizację mennic powierzono dwóm podskarbim: koronnemu i litewskiemu. Byli ich zarządcami i poniekąd dzierżawcami, którzy płacili skarbowi czynsz od każdej przebitej grzywny srebra. Swobodnie decydowali o doborze specjalistów, zakupie srebra oraz ilości emitowanych monet. Musieli ściśle przestrzegać postanowień ordynacji menniczych. Odpowiadali za jakość wybijanych monet oraz rentowność mennic.
W czasach Batorego ujednolicono po raz pierwszy sposób bicia monet w Koronie i na Litwie. Orzeł Biały i litewska Pogoń widniały obok siebie, a nie jak dotychczas osobno na monetach koronnych i litewskich. Ukształtował się podwójny system rozliczeniowy. Do obsługi wielkich transakcji handlowych służyły dukaty i talary. System groszowy obsługiwał rynek wewnętrzny, gdzie najpopularniejszymi monetami były: trojaki, grosze i szelągi. Monety posiadały jednakową wartość w Koronie i na Litwie. Robotnik za dzień pracy dostawał 3 grosze, murarz 5 groszy. Buty kosztowały od 18 do 20 groszy. Za korzec pszenicy płacono do 16 groszy. Za woła tucznego na stół królewski należało wyłożyć 9 złotych polskich. Żołnierz, których chciał nabyć konia musiał być przygotowany na wydatek rzędu 22 złotych.
